安全管理体系的持续有效运行是航运企业管理中的的重要组成部分，公司设立安全管理部为海务安全管理和ISM/ISPS/MLC管理体系运行与维护的职能部门，负责国际航行船舶的安全法规、公约规则的宣传，贯彻执行国际海事组织、船级社及船旗国的有关国际公约、规则、法规和行业标准，健全公司安全管理规章制度，完善安全管理体系的操作和监控流程，控制关键环节，负责对安全事故的预防和及时处置，将事故损失控制在最低范围，为船舶和船员提供安全管理的技术指导、咨询、信息资料和海员通常安全做法，指导和监控船舶安全操作和落实防范措施。
公司安全管理部由具有专业航海资历的远洋船长，轮机长等相关人员组成，为公司船队的安全运营提供专业高效的岸基支持。
同时公司与国内外知名的保险公司保持长期合作（如PICC,CPIC,CPI,WOE 等），为公司船队安全运营提供有效保障。

目前对于公司管理的近20艘船舶，运用现代信息化手段对船舶进行智能化管理、精细化和安全预控关口前置的管理，提供了全天候、全航程、全方位、优质、高效的技术保障，实现了及时预控和纠错，有效地控制了船舶安全事故的发生率，使近年来船舶安全事故率维持在极低水平，提高了船队营运的核心竞争力。